Capítulo 6 Ejercicio práctico
Una de las preguntas básicas de un ecólogo es saber ¿Cómo de diferentes son dos comunidades?. Como hemos visto existen varias decisiones que los investigadores debemos tomar, estas decisiones afectan directamente a los resultados que podemos obtener y por ende a las conclusiones biológicas que obtenemos de este análisis.
En el presente ejercicio evaluaremos cómo las diferentes decisiones que tomamos entorno al procesamiento de datos afectan nuestras medidas de similitud, y cuáles son las conclusiones biológicas que obtenemos con uno u otro procedimiento. En la tabla 6.1 mostramos cinco comunidades hipotéticas.
| sp1 | sp2 | sp3 | sp4 | sp5 | sp6 | sp7 | sp8 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | 58 | 58 | 11 | 1297 | 34 | 15 | 436 | 174 |
| B | 52 | 23 | 29 | 1572 | 56 | 0 | 293 | 65 |
| C | 0 | 0 | 36 | 41 | 85 | 0 | 449 | 91 |
| D | 64 | 82 | 30 | 1300 | 46 | 45 | 454 | 209 |
| E | 62 | 88 | 116 | 146 | 150 | 53 | 487 | 157 |
Convierta los datos de abundancia brindados en la tabla 6.1 en datos de abundancia relativa por cada sitio (la suma en cada sitio debe ser igual a 1). Dibuje dos gráficas para representar; i) la abundancia total y ii) abundancia relativa de cada localidad. En el ejercicio hemos calculado la abundancia relativa por especie y no por sitio. Para obtener la abundancia relativa por sitio use la siguiente línea de código:
objeto/rowSums(objeto)Para realizar los gráficos con los datos de abundancia y abundancia relativa use la función barplot siguiendo la siguiente línea de código:
par(mfcol=c(2,1), mar=c(3,3,1,1))
barplot(objeto, beside = T)
barplot(objeto2, beside = T)
La función par se usa para dividir el área del gráfico en dos partes.
objeto y objeto2 se refiere al objeto que contiene la matriz de con los datos de abundancia y abundancia relativa.
Responda las siguientes preguntas:
¿Qué diferencias puede ver en la gráfica con datos de abundancia y abundancia relativa?¿Qué implicaciones biológicas podría tener si utilizamos la primera o la segunda matriz para calcular las similitudes?
Calcule las distancias Euclidiana y de Bray Curtis para cada sitio con las dos medidas de abundancia y grafíquelas utilizando el NMDS. ¿Cómo cambia entre distancias y abundancias? ¿Por qué se dan estas diferencias? ¿Puede darles una explicación biológica a los diferentes resultados?
Evalúe la similitud (Sorensen) y el porcentaje de similitud entre pares de sitios. ¿Cuáles son los sitios más similares? ¿Cuál es la razón de las diferencias entre los índices utilizados? ¿De una interpretación biológica a estos resultados?